Las Margaritas fue erigida en pueblo y cabecera municipal según decreto del 9 de diciembre de 1871, promulgado por José Pantaleón Domínguez, entonces Gobernador del Estado de Chiapas.

La formación del pueblo se hizo con los habitantes de la entonces ranchería Las Margaritas, del departamento de Comitán.

La cabecera municipal fue elevada al rango de ciudad por decreto del 24 de marzo de 1981, promulgado por el entonces Gobernador, Juan Sabines Gutiérrez.

La Iglesia Santa Margarita

Y el Arból de la ciudad, (casi siempre en cada ciudad tienen su Arból)

Las ciudades de Comitán y Las Margaritas, en el estado de Chiapas, son los dos principales centros urbanos del área fronteriza entre México y Guatemala que se han convertido en receptores de la población indígena desplazada a partir de la sublevación de 1994.