En un principio una sola ermita albergaba a dos de los templos que existen hoy en día, el de Santa Lucia y el de San Diego, la cual se encontraba construida humildemente a un costado del Hospital de los Pobres, en lo que hoy es el barrio de Santa Lucia, hacia el año de 1594.
En 1712 el obispo Álvarez de Toledo consiguió que le cedieran la ermita para dársela al Hospital de San Juan de Dios, del cual hable un poco en el post de la Iglesia de Caridad. Así se mantuvo por varios años hasta 1819, cuando por orden del Obispo Samartín, empezó a ser levantando un nuevo templo perdiéndose varias imágenes, algunos altares y mucho del mobiliario original con el que se contaba. Dicha construcción fue destruida a finales del siglo XIX por órdenes del padre Nicolás Figueroa, para dar lugar al templo que hoy en día podemos admirar. Tomando en cuenta las aportaciones de Aubry podemos inferir que se trato del año de 1882, aunque Artigas, en su libro de Arquitectura de San Cristóbal, afirma que fue realizado en 1898.
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