A la llegada de las tropas aztecas al mando de Titotol en 1486, Balún Kanan perdió no solo el nombre, sino la libertad. Al llamarle Comitlán, la identificaron en el libro de tributos con una olla, con lo cual su significado cambió por “Lugar de Alfareros”. Más tarde, en la época colonial, por decreto de las cortes Cádiz expedido con fecha 25 de octubre de 1813, dejó la categoría de pueblo para convertirse en Ciudad de Santa María de Comitán.

Entre 1821-1824 se le nombró Comitán; posteriormente, Comitán de las Flores (1925-1934); y, por decreto del 21 de noviembre de 1934 y en honor al doctor Belisario Domínguez, se llama Comitán de Domínguez; y, por último, Heroica Ciudad de Comitán de Domínguez (1984), por ser la cuna del grito libertario de independencia del Estado de Chiapas y gran parte de Centroamérica, promulgada por Fray Matías Antonio Córdoba y Ordóñez aquel 28 de agosto de 1821 en el templo de San Sebastián; para después, firmar el acta de independencia en la sala capitular del Convento Dominico (hoy Centro Cultural Rosario Castellanos) acompañado de las autoridades, funcionarios, políticos y gente del pueblo; acta que sería llevada a Guatemala, con lo cual Chiapas quedaba totalmente libre del dominio español.

Comitán, es una ciudad con pasado histórico hermoso desde aquel año de 1528 cuando Pedro Portocarrero, conquistador de la Provincia de los Llanos, fundó la Villa de San Cristóbal de los Llanos. Para entonces, Comitán era un poblado indígena importante, que seguiría su curso centenario o probablemente milenario hasta la actualidad.

Cada templo, cada casa y cada calle, guarda un recuerdo imperecedero de sus grandes luchas por la soberanía; y atesora, dentro de las páginas de su historia, los más nobles sentimientos hacia una organización libre y soberana, aunados con los principios de México y Chiapas