En lo relativo a su nombre, también ha tenido diversos nombres tales como el de Escuela Secundaria y Preparatoria de Comitán, el cual se mantuvo por varias décadas, para pasar después por el de Centro de Estudios Científicos y Tecnológicos de Comitán (CECYT DE COMITAN), el cual aún conserva para efectos de pagos de su personal docente y administrativo en la Secretaría de Hacienda del Gobierno del Estado de Chiapas y como cédula de identificación de trabajo ante la Secretaría de Educación Pública, como dependencia administrativa no federal y de normatividad estatal; pero, a la “Prepa” como popularmente se le conoce, para la Secretaría de Educación del Gobierno del Estado de Chiapas, oficialmente es: ESCUELA PREPARATORIA DEL ESTADO “COMITÁN”.
