Copanahuastla (o mal escrito “Copanaguastla”) era una populosa comunidad tzeltal a la llegada de los conquistadores en el siglo XVI; fue mencionada por Bernal Díaz del Castillo entre las poblaciones sometidas a la corona española a raíz de la expedición a Chiapas de 1524. Los frailes dominicos, entre los que se encontraba Fray Domingo de Ara, fundaron allí su segunda casa chiapaneca con esperanzas de hacer de ese convento un gran centro de evangelización, a juzgar por la magnitud de lo que todavía queda del edificio que debió ser construido después de 1556, tal vez bajo la dirección de Fray Francisco de la Cruz.
En el siglo XVI la comarca aparecía ante los ojos de los frailes como singularmente rica tanto por sus cultivos de algodón, sus minerales y sus posibilidades ganaderas como por su posición sobre el Camino Real a Guatemala. Sin embargo, el convento fue abandonado a principios del siglo siguiente y el pueblo mismo, que había sido encomienda de Andrés de la Tovilla, uno de los compañeros de Pedro Portocarrero, no le sobrevivió muchos años.
Seguramente fueron las epidemias la causa de ese abandono, pero la leyenda asegura que fue la persistente práctica de la adoración de dioses prehispánicos, escondidos tras el altar principal de la iglesia, lo que produjo un castigo divino. Por sus circunstancias históricas, el templo de Copanahuastla conserva su carácter arquitectónico original, lo que lo hace especialmente importante para el estudio del arte colonial chiapaneco y centroamericano.