A principios de 1528 un grupo de españoles, procedente de Guatemala y encabezado por Pedro Portocarrero, fundó en las cercanías del antiguo Balún Canán un poblado que recibió el nombre de San Cristóbal de los Llanos, como punta de lanza de Pedro de Alvarado sobre las tierras chiapanecas. El intento fue frustrado por la presencia de Diego de Mazariegos, llegado desde México por las mismas fechas, y quien estableció Ciudad Real, hoy San Cristóbal de las Casas, como la única población española y capital de la provincia. Como fruto de 01a concertación entre ambos grupos, San Cristóbal de los Llanos fue desmantelado y varios de los compañeros de Portocarrero se establecieron como encomenderos en Ciudad Real. Posiblemente la leyenda que habla de un puma que guió a los españoles para fundar su ciudad junto a un manantial, aluda la creación de ese efímero poblado.

Establecido el sistema colonial, Comitán, pueblo de hablantes de tzeltal, cavil, coxoh y tojolabal, pasó a ser encomienda de Diego Holguín, mientras que los asuntos de la República de Indios estaban a cargo de un cabildo, cuyo primer gobernador fue don Luis de Velasco. Fundamental fue la presencia de los dominicos, llegados a mediados del siglo xvi, que establecieron en el poblado uno de sus conventos principales del que dependían Zapaluta, Coapa, Coneta, Aquespala, Escuintenango, Comalapa, Chicomuselo y Yayagüita. Los frailes también establecieron las primeras haciendas en Los Llanos, que por eso se conoció como La Frailesca de Comitán.

En el siglo XVII, el fraile Thomas Gage escribe que «El priorato de Comitán posee diez pueblos y muchas haciendas, donde pace una inmensidad de ganado vacuno, caballos y muías». En efecto, ya para entonces Comitán era muy importante por la producción de sus haciendas, que había significado el traslado de españoles dueños de las estancias a residir en el poblado que, sin embargo, siguió siendo considerado «pueblo de indios» hasta principios del siglo XIX.

Durante el siglo XVII, el proceso de ladinización, es decir de presencia no indígena, se incrementó, no solamente por las haciendas sino porque Comitán era un lugar de paso muy importante sobre el Camino Real, ya que para entonces el ramal de la tierras bajas que pasaba por Copanaguastla y Coapa había caído en ruina a causa de las epidemias y también funcionaba como una de las entradas de la Selva Lacandona, región casi incógnita durante todo el periodo de la colonia. Comitán poseía la ventaja sobre la capital provincial, Ciudad Real, de estar más cercana y accesible a Guatemala, de donde Chiapas dependía en aquella época.

Los visitantes solían quedarse apenas unos pocos días; no así algunos habitantes de Ciudad Real que por razones económicas prefirieron, a partir de mediados del siglo XVII, cambiar su domicilio a Comitán. En efecto, Comitán fue un pueblo pacífico, ya se mencionó que en la magna operación de fines del siglo diesiocho contra Lacandonia los Comitecos tojolabales participaron sólo en calidad de músicos. Mientras tanto, el número de «españoles» que se trasladaba de Ciudad Real a Comitán aumentó constantemente. Fueron ellos los nuevos dueños de estancias de ganado mayor, propiedades que adquirían en terrenos al loriente de Comitán, gracias a las facilidades que les daban las leyes de «composición».

Asi llegaron los Gordillo Farfán, Alfaro, Gómez Coronado, Villatoro y Guillén, seguidos después de los Arguello, Solórzano y otros. Así empezó un proceso cuya continuación durante el siglo diesiocho provocó cambios profundos en las relaciones sociales entre los comitecos, cambios que finalmente tuvieron consecuencias políticas.

Si hubiera de hacerse un inventario del patrimonio arquitectónico de Comitán, quienes no lo conocen seguramente considerarían que en un lugar prominente debe de figurar las edificaciones religiosas, como el templo de San Sebastián de 1525, el de Santo Domingo de Guzmán de 1628, y los de San Caralampio, San José y Guadalupe, del siglo XIX. Sin embargo Caminar las calles o sobrvolar la ciudad mostrará un aspecto distinto: las casas, principales o modestas, conforman un importante acervo de construcciones y una significativa homogeneidad en numerosos puntos. Al peatón se le revelarían las cornisas y los frisos de extracción neoclásica, las rejas y balcones de madera, con sus barrotes alterados, los portones con postigo entre las dos hojas grandes; ante los ojos de quien volara se extendería una pradera de tejas, que con sus infinitos matices de ocre nos dicen cuántos años llevan de haber salido del taller del alfarero, mientras más oscuras, más viejas.

Del primer libro donde a partir de 1557 se apuntaron los bautizos y matrimonios se conocen, también, los sacerdotes cuyos nombres figuran en una placa a la entrada de la iglesia de Santo Domingo. Los comitecos, poco a poco, se volvieron cristianos, fundaron en 1561 su primera cofradía del Rosario y llamaron su pueblo San Pablo de Comitán, nombre que perduró solo quince años.

En 1576 a la muerte de fray sebastián, fray jerónimo de San Vicente, provincial de la orden, determinó elevar la visita de Comitán a vicaría: en adelante varios religiosos vivirían en el pueblo, desde donde se visitarían los pueblos de Zapaluta, Coapa, Coneta, Aquespala, Escuintenango, Comalapa, Chicomuelo, Hitatlan y Yayaguita. Desde entonces el poblado se llamo Santo Domingo de Comitán. Para el sostén de los comitecos les donaron un pedazo de sus tierras comunales y, además, la mitad de sus ganados.