Del primer libro donde a partir de 1557 se apuntaron los bautizos y matrimonios se conocen, también, los sacerdotes cuyos nombres figuran en una placa a la entrada de la iglesia de Santo Domingo. Los comitecos, poco a poco, se volvieron cristianos, fundaron en 1561 su primera cofradía del Rosario y llamaron su pueblo San Pablo de Comitán, nombre que perduró solo quince años.

En 1576 a la muerte de fray sebastián, fray jerónimo de San Vicente, provincial de la orden, determinó elevar la visita de Comitán a vicaría: en adelante varios religiosos vivirían en el pueblo, desde donde se visitarían los pueblos de Zapaluta, Coapa, Coneta, Aquespala, Escuintenango, Comalapa, Chicomuelo, Hitatlan y Yayaguita. Desde entonces el poblado se llamo Santo Domingo de Comitán. Para el sostén de los comitecos les donaron un pedazo de sus tierras comunales y, además, la mitad de sus ganados.